La amigdalectomía es la extirpación de las amígdalas faríngeas. La adenoidectomía es la extirpación de los adenoides. A menudo se hacen conjuntamente una amigdalectomía y una adenoidectomía. La amigdalectomía se hace bajo anestesia general, en un quirófano, con un anestesista que monitoriza en todo momento las constantes. La intervención dura alrededor de unos 20 minutos. El cirujano extrae las amígdalas del niño a través de la boca, sin realizar incisiones en la piel. La operación se realizara con instrumentos específicos, que disecan las amígdalas extrayéndolas del lecho amigdalar. La zona intervenida cicatriza por si mismo en dos semanas.
En la mayoría de los casos el tiempo de estancia en el hospital es de horas. Los niños menores de 3 años o con enfermedades crónicas permanecerán en el hospital al menos un día. Al alta, el indicará tratamiento antibiótico y analgésico.