¿Puedo limpiar con bicarbonato la boca de mi hijo de dos años que tiene herpanginas?

No creo que sea buena idea, existen mejores opciones.

Sí, lo puede hacer.
Sin embargo, ya existen medicamentos que pueden aplicarse y vienen en la presentación adecuadas.
A menos que el niño coopere, es muy complicado poner medicamentos directamente en la mucosa de la boca.
Saludos cordiales y muchas gracias por su confianza.

Hola Buen día, la herpangina es generada por un enterovirus (virus coxsakie) y generalmente este tipo de cuadros se autolimitan, los protocolos de manejo nos indican que hagamos manejo de soporte, no se dan antivirales, existe la posibilidad de que algún paciente se complique dando una infección sistémica o con participación de uno o mas órganos , aparatos o sistemas, y pueden llegar a afectar sistema nervioso central dando encefalitis , meningitis aséptica, síndrome de Guillain-Barré, mielitis transversa, ataxia cerebelar, etc.
Por lo tanto hay que vigilar su evolución y que no se complique, sugiero mantener contacto con su pediatra ante cualquier cambio de su hijo y si en tres días no hay mejoría vale la pena revalorarlo. Con respecto al bicarbonato ayuda alterando el ph de la mucosa oral y con esto genera un medio no adecuado para la reproducción del virus, mas si su pediatra se lo indicó, siga estrictamente la cantidad, forma, y frecuencia y días de su administración.
Saludos cordiales y muchas gracias por su confianza.